מי קהילות עולים מתמקד במרכזי הדרכה וחינוך, חברתי ולימודי לקידום אוכלוסיות עולים כדוגמת בני המנשה, בערים מרכזיות, ביניהן קריית שמונה, צפת ומעלות. מטרת המיזם הינה מתן מענה חסר, הולם, אנושי, מעשיר ומעצים לאוכלוסיות העולים, תוך שימת דגש על אבחון תלמידים והעצמתם, חונכות ותגבורים לתלמידים לפי הצורך, הדרכה להורים ואחים בוגרים בקידום המשפחה, קיום קשר רציף עם המסגרות החינוכיות בהם מתחנכים התלמידים, הקמת מועדוניות, מפגשי העצמה, מדרשה ופעילות חברתית ייעודית בפריפריה הגיאוגרפית של מדינת ישראל.

מהות המיזם הינה לפתח קשרים עם אנשי מפתח בקהילות, לסייע בקליטתם ולהימצא בקשר רציף עמם. כמו כן, מיפוי צרכים, איתור העולים, בניית תכנית עבודה, מעקב ובקרה.